Année 2015, Japon. Grâce à une reprise de l'économie et de la consommation, les rescapés du dernier cataclysme tentent de survivre dans la nouvelle ville forteresse de Tokyo-3. Mais ce monde en pleine renaissance subit régulièrement les assauts inexpliqués de monstres gigantesques appelés Anges. Pour contrer leurs effets destructeurs, le gouvernement fait appel à une organisation secrète, la NERV, et à ses êtres à la fois organiques et cybernétiques contrôlés par des enfants : les Evangelions..